众人见到树王，它感应到在中国的几大林区中一共隐藏着五个加工恶魔假面的工厂，震远还想问污染者在哪，但无奈污染者使用法力隐遁自己树王探测不到，震远只好先派众人分成五组去清剿工厂，自己要去想办法阻止战争爆发，可面对即将逼近的军队而又对安理会那边的情况一无所知的震远已经不知道该怎么办才好，现在通知自然族只能是加速战争的爆发。树王已经感应到人类的异动，震远把事实和盘托出并请求树王暂时保密别告诉狮王，不然以他的性格一定会立即出兵开战的，给自己一点时间一定会阻止战争，树王相信震远并保证不仅不会外露信息而且也不会下令植物族贸然行动，可一旦到时候局势失控，自己为了保护自然族也还是会下令和人类开战的。震远开始想办法，他想去阻拦正在热头上安理会又因为没有足够的证据难以灭火，战芸联络父亲战毅希望他能够想办法劝安理会停手，给众人一些时间收集证据，战毅说自己一直在努力劝阻他们，可由于你们之前一直没有消息并且安理会众人对自然族威胁看得很重，自己人微言轻根本说不动那些委员，而且不知道为什么他们讨论到最后突然间就决定要开战，而且之后就再也听不进任何意见了，因为你们自从到自然族后再也没消息我也担心你们的安全，自己也被他们说服，只得顺了大流同意开战。太极将军知情后亲自军袍加身去一趟安理会劝委员们冷静下来，却发现整个安理会都已经陷入一种狂热的情绪，这有些不正常，将军开始回想起当初灭法事件时女王控制安理会的事情，他猜测安理会应该是又被女王控制了，但大楼安置了精神干扰器女王不可能成功实施，就算控制了也不可能不被监测系统发现，而且天眼系统无论怎么查也没有发现联合国大楼内有任何灵能反应，说明女王根本就不在这里，这让经验丰富的太极将军也有些糊涂了，难道真的是安理会疯了不成。震远他们一时间无法赶去安理会只是让战毅和六将军们想办法阻止，但时间一点点过去六将军已经阻止不了军队的步伐，围剿部队已经到达各地自然族森林边缘，太极将军心想既然阻止不了安理会，那就直接请求中国政府让各地部队暂缓行动，好在震远那边已经压住自然族没有让他们做出反应，自己正好可以凭此说服本就不是很乐意打这一仗的中国政府和国家主席。听了太极将军的报告，主席也认为安理会这次有点过激，而且得知负防局的人已经介入调查并已有所发现，结合上次自然战争留下的教训，主席决定相信震远并给他们一些时间，他开始联系其他各国首脑向他们说明情况，请他们联名要求安理会暂缓行动并做进一步观察，尽量等待负防局调查结果出来，不到万不得已不能对自然族开战。

由于中国政府的努力拖延了开战时间，众人顺利端掉五座工厂并拍下大量照片为证，可还是不见污染者，夏炎和冰瑶这对路痴在丛林里方向感极差，由于自然族人在战斗中全灭因而完成任务之后两人迷了路，自己正在通往树王圣域的道路上却浑然不知，而且由于战斗他们失去了通讯设备与其他人失去联系，他们试图使用传心术但森林里灵能干扰太大根本感应不到别人。这时一直在秘密寻找兽族地宫的入口的影刃王却阴差阳错地摸到了通往树王圣域的道路上并和两人相遇，他估计此刻震远他们应该还在地宫，他想这两人一定是出来执行震远搜索污染者的任务迷路了，于是攻击他们迫使他们往回逃，然后暗地跟踪他们希望以此找到地宫所在。允儿找到诺尔，说她感到树王圣域附近出现了一股极强的黑暗力量，她怀疑是影刃王摸到了去树王那里的路，要他带兵和自己一起去阻止他找到树王。两战王不敌影刃王但却也没跑，因为根本不知道往哪跑，这时允儿和诺尔带兵赶来和影刃王缠斗，见他们受了重伤于是让他们回去树王那里暂避，影刃王以为两人要前往兽族地宫，于是故意战败假装受伤以迷惑自然势力不再追踪他，而后暗中跟随两人找路。可夏炎和冰瑶逃跑后又再次迷路，选错了岔路口来到林地的边缘，两人感觉路太长而自知又走错路了，已经傍晚了他们在附近看到有灯光，随即来到一个简陋的木屋小院，这里有两个中老年男子在此居住，两人受伤劳累跑不动而且已经是饥肠辘辘因此被迫借宿此地。两位老人为他们准备了晚餐，在火旁吃饭时通过老人的描述，两人得知他们年轻时为了养家糊口谋发展而想到倒卖木材赚黑钱，把临近的一小片森林砍伐殆尽，使其一度成为一片荒地，尝到甜头后他们又继续破坏这里的植被因而被护林官兵抓住予以查处，可当地法院没有让他们坐牢，而是根据他们的个人条件罚他们植树三千株，被惩罚的两人起初硬着头皮去植树，但看到因为自己的欲望而变得光秃秃的山丘心里很愧疚，方才如梦初醒，明白不论如何不该破坏大自然，于是决心一辈子植树来赎罪，现在他们不仅早就完成了三千株的惩罚数量，而且已经把这片林地边缘处被他砍光的部分全部还原，如今小树长大了，但他们却年事已高，于是就在此住下继续植树，并且承担起巡山护林的责任来保护森林。老人们说人类的发展绝不应该建立在其他物种的毁灭之上，我们没有权力也没有理由为了我们人类这一个种族的发展而去伤害地球上其他种族，很多时候对于大自然而言，我们人类就是侵略者，过分贪婪无度索取最终得到的只是法律的制裁和大自然的惩罚。老人由于隐世而居几十年难以得知外界都发生什么，听说魔军入侵人间忙问现在战况如何，冰瑶说我们现在在负防联军总帅上官震远的带领下已经取得了阶段性的胜利，很快就可以打进魔界用法阵消灭敌首暗黑魔帝，彻底终结这场浩劫，老人们知道世界还有希望这才放下心来并预祝众人一切顺利。

可人类那边刚刚压制住，自然族这边却又出事了，由于人类军队已经兵临城下被兽族侦察兵发现，因此纸已经包不住火了，狮王知道了这件事并且聚集各族长来地宫商议对策。就在兽族人恨意又被激发的时候，震远和战芸及时赶到告诉狮王是因为自己当初没和安理会说明面具恶魔的情况造成的，而且自己早就知道人类要进攻但还抱有试图阻止战争的希望就没有告诉你们怕你们一生气定会开战，到时候就一发不可收拾了，而且他现在已经想办法让各地军队停下来，只要自然族不出兵战争就不会爆发。狮王说震远的心是好的，可他太幼稚了，他根本不知道那些人类高层的价值观，现在人类大兵压境，你能一直让他们按兵不动吗，不论怎样他们已经威胁到我们的生存领土，既然人类单方面撕毁条约先动手自己也不能被动，兽王决定立刻准备进攻人类，而且他这次很坚决，不全是因为人类的这次行动，而是要教训教训人类这种不把其他物种放在眼里，随随便便就对其他种族进行攻击和威胁的自以为世界主宰的狂傲思想。震远无话可说，因为事实确实如同狮王所说，人类太自私太霸道了，震远决心亲自去安理会问清情况并让他们撤军，狮王不许他离开，虽然他无意冒犯震远，而且他有恩于自己，知道他们都是好人，可人类科技今非昔比，一旦打起来自然族定是处于弱势，因此自己需要拿你这个联军总帅和法力者们作为人质以保证我们不会被消灭。震远说如果这样真的有用自己情愿留下来作为大自然的挡箭牌，可这解决不了根本问题，祸是自己闯的自己一定会去阻止这一切，不管别人怎么想，他自己一直认为不论怎样人类都没有权力把战争的枪口对准大自然，我不会任由人类再这样肆意妄为，这也是身为负防联军和负防局总帅的我的职责。狮王知道震远是个好人，知道他希望两族和平希望阻止负能量的蔓延，从他当年救诺尔时与他接触就已经知道了这一点，他并不怀疑震远维护正道的心，可他怀疑身为人类的震远在种族立场的抉择上最终是否可以做出公正的选择。震远说自己虽然是人类，但他是讲原则的，至少在目前这件事情上他还能分清是非对错。他知道惧怕强大排除异己是人类的本性，更是当权者的一贯作风，但他更清楚大自然被毁灭了人类也将灭亡，如果安理会真是要为了消除潜在威胁而肆意破坏自然自断人类的生路，那自己宁可再丢一次官职也要阻止他们的愚蠢行为。狮王顿时觉得震远的话十分熟悉，当年震远的父亲上官宁也对自己说过类似的话，于是只好下令军队集结起来但不要出击，选择继续相信震远让他再去试试，可一旦他不能阻止人类自己也绝不会坐以待毙。临走前震远转身说如果非要我在人类和自然间选择，自己宁可选择和安理会甚至全世界的军队为敌，也要保全我们共同的家园。

邪咒女王回到魔界自己的宫殿后开始计划新的政变策略，她虽然从埃及找来水晶球想借中国上古魔神蚩尤的强大力量对抗魔帝协助自己政变成功，但蚩尤力量强大不会任她摆布，自己也惹不起，而且将他释放后很有可能出尔反尔不会帮自己夺取魔界而只想着向炎黄子孙复仇独霸人间，到时候自己反而又多了一个强大的敌人，因此女王本想再找其他机会和方法，不到万不得已不去惊动蚩尤，但现在看来是有必要和他聊一聊了。女王通过水晶球联系到被关押在上古地底世界的蚩尤的灵魂，并和他达成协议，女王可以想办法放他出来并将其复活，但几千年间人类已经变得十分强大，更何况现在神灵将法力继承给了部分人类，凭他的力量未必就能实现他的复仇愿望，而一旦自己夺取魔界的控制权就可以帮助他重新统治人间，但他必须先帮自己消灭魔帝，因为魔帝现在力量亏空，凭蚩尤的力量绝对是胜券在握，而这是也女王释放蚩尤回到世间的基本条件。蚩尤在强烈的复出和复仇欲望驱使下也只好答应女王的条件，但女王现在没法放他出来，她需要等待时机，不过她保证不会太久的，蚩尤的灵魂被封印了几千年也不在乎这一点时间，表示也愿意等下去。

另一方面，污染者正在落实他当初和魔帝说的足以在短时间内填满魔能壶的大动作，他想以恶魔假面的运作原理来制造一种同样原理的污染装置，以负能量污染整个中华大地乃至全世界，让所有生物全部变成和面具恶魔一样的恶魔任由魔军控制，而试验点就先从自己的隐遁点附近的长江开始，利用水流将这些可感染的黑暗能量带到全国各地，进入大海后波及全世界，到时候自己再把这些魔化了的生物回收成黑暗能量就相当于以极少量的黑暗能量播种收获千百倍的能量，如果把全世界的生物和人类全部变成黑气加以回收，得到的黑暗能量完全足以瞬间填满魔帝的魔能壶。同时由于制造面具的据点被尽数拔除，污染者仅能依靠自己的核心基地生产假面，但这样就无法保证感染者的数量，因此他改良了恶魔假面，使得再被附身的恶魔生物可以通过近距离和其他生物的面部接触而将感染源传递给他们，并将他们感染为同样的恶魔，不过这种感染不如面具附身来的深，这些次级感染者不仅力量相对较弱，而且可以被净化力量或光明力量驱散感染源并解除感染恢复原状，不过却也加快的感染的速度，不仅可以让制造感染者的效率不亚于几个据点共同生产面具的效率，而且还可以让人类和自然族疲于奔命，侧面掩护自己这边的大行动。人类方面，在女王的催化作用下，刚刚迫于国际压力而同意暂停攻击的安理会此刻失去了耐性不再等待震远他们来报告结果，要求中方为了本国和世界人民的利益着想必须立即开始对自然族发起全面进攻，虽然中国军方在执行这一命令时打了很大折扣，但仍然激怒了自然族，狮王和树王也下令各地自然族军队开始反击，第二次自然战争还是不可避免地爆发了。震远在天维核心成员的陪同下来到北美，和太极将军他们联合战毅在联合国大楼召开了一次紧急会议，希望把事情解释清楚劝安理会退兵，震远先是把污染者和恶魔假面的事情告知安理会并附上照片为证，只是污染者本人自己现在还没有抓到，最后在保护人类还是捍卫自然两条路的选择问题上震远表示自己是绝不会对大自然开火的，他会尽量阻止这场战争的爆发，如果真的不能就只能站在自然这边，因为这次是人类有错在先，自己如此决定也实属无奈，要怪就怪安理会根本不听劝告。在口头劝说无果后震远决定自己要亲自终结这一切，趁现在安理会还没有把自己免职，立即向全国负防联军下令不许联军部队参与对自然族的战斗，这样至少可以说明自己是公正地站在自然族一边，没有失信于狮王。而在众人跟随震远去开会的时候，几次使用吊坠力量使得自己心灵力量有所增强的雪月以心灵感应察觉到安理会众人好像是被什么力量施加了心灵催化一样，可这种感觉不是很清晰，而且一时自己也说不上来什么原因，但她也记下了这个问题，这一发现成为后来解决问题的一大关键。

随后更可怕的事情发生了，污染者已经将被升级过的面具附身的新一批恶魔生物派往自己核心据点周边的城市边缘区，兰羽一直担心的假面病毒会自行传染的情况出现了，可是震远却觉得对于阻止自然战争来说这反倒是个好消息。天维总部中众人为了查清感染情况而忙碌，诺尔和允儿来找震远，他们问过各自的首领明白了一切的原委，也知道了面具感染升级的事情，知道自己现在该干什么，也知道人与自然两族之间不能永远这么发展下去，既然战争已经开始了，那自己就和天维众人一起全力尽速终止战争，并消灭污染者结束这一切。震远说这就是魔帝想要的，分裂自然和人类好各个击破，又想像当年一样故技重施坐收渔翁之利，可现在终结污染者和他的污染计划远比阻止自然战争要重要的多，如果我们不能及时制止他，那全世界都将被面具病毒感染，到时候魔军就会不战自胜，魔帝也会解封复出，世界将成为面具恶魔和黑暗军团的天下，到那时我们就算有再强的法力也无力回天了。为了阻止污染浩劫，三族的年轻一代领袖决定联合行动，震远立刻派天兵和卫戍区的联军精锐部队去事发地协助市中心居民疏散并且把市区隔离起来以暂时阻延疫情，因为感染者特征明显易于区分因此为隔离工作省去很多麻烦，同时用别的方法尽快找出污染者以及污染源头的位置所在，因为现在几股势力交织在一起树王也未必能准确地感应到污染者在哪。而自然族那边也是一片混乱，兽族和植物精灵族的主力军队离开森林出击人类后不久，其余动物和自然族居民开始被传染，两族首领以为只是面具恶魔的入侵因此只是调派了军队去镇压，可没想到这样只是去增加面具恶魔的数量。天维总部震远和众人见夏炎和冰瑶至今未归而且已经失联两天，一定是在树林里迷路了，又想到面具病毒可以直接传染因此怀疑他们是否已经被感染了，就在震远等人为两人担心并焦急等待定位结果时事情出现转机。兰羽和夏彤结合天眼系统对全国负能量浓度的扫描结果并根据疫情爆发区域所在位置反向推算，基本确认了污染者的大概位置在长江中上游南部的一个小森林里，有人不解他为什么要选择长江附近，震远说中国地势西高东低，河水都是向东流的，而南部城市群是全国人口最稠密的地区，由此分析污染者是想通过长江来传递他的恶魔病毒，借河水东流之势使病毒流入南部人口稠密区，之后还会流入海里而后污染整个太平洋，接下来就是其他大洋，以此来感染全国和全世界，使得世界上所有的生物都变成恶魔，我们不可能阻止整个长江水的流动，一旦他投放污染源我们就彻底没希望了，因此我们必须立即行动，抢在污染者释放病毒前找到他摧毁释放装置，希望还来得及阻止他的疯狂举动。但如果要过去不是空运就是渡江，震远想来那个区域现在一定到处都是恶魔生物，于是他想利用空军和空降部队正面攻击吸引敌人主力的注意，自己带着一批突击队横渡长江天险由诺尔允儿协助穿越丛林从后方攻击直捣敌腹。震远看四灵战王少了一半，而自己这一去天维必然亏空，天翔白枫两个战王能力过人机变无双还是留守总部以防不测，这次就由魔家四将代替四战王随自己出战。

由于不知道污染者是否已经释放病毒，因此众人只有和时间赛跑尽最快速度找到他。这一仗打的十分惨烈，众人的突击队在森林中遭到大批恶魔生物傀儡的围攻，幸得诺尔允儿和他们手下的自然族军队的帮助，众人成功渡过长江找到污染者的老巢并与其开战，在混战中污染者意图以面具魔化震远，魔家四将之一的欧阳智距离震远最近，为了保护他挡在他前面被面具魔化，在转化之际要求震远杀了他，震远知道一旦戴上面具就不再是人类了，见他痛苦挣扎于是以权杖将其击杀，他的神兵碧玉琵琶随着他的灵力一起回到了天上四大天王那里。震远悲叹就因为这一个小小的面具竟损我一员大将，再加上污染者在一旁狂言傲语，盛怒之下震远以大法力击杀污染者并将其收化进吸收号。突击队消灭了所有的面具恶魔，而在众人掩护下成功渗透进堡垒核心地带的战芸也在恶魔病毒释放前的最后一刻成功阻止释放，并将整个污染装置连同这个制造恶魔假面的总作坊一并摧毁，彻底端掉了污染者最后的基地。就在众人欢呼胜利的时候震远却说战斗还没有结束，污染者的死亡和基地的毁灭使得所有的灵能干扰也都消失了，天眼系统就可以追踪到所有的直接感染者和次级感染者，震远收到总部的报告后带着众人即刻赶赴各个感染区协助天兵清剿残余恶魔，同时也要求留守天维的天翔和白枫率领剩余的天兵部队立即前来协助清剿。最终在天眼系统的帮助下众人消灭了所有的感染者，感染危机被彻底化解，虽然美中不足的是这次事件中有太多人死去，但好在没有造成更大的损失，众人终于松了口气。作战结束后震远等人看着滚滚的长江水，感叹刚刚真是千钧一发，好在战芸在病毒释放前的一瞬间及时阻止并摧毁了装置，不然后果可就不堪设想了，战芸说总算是保住了长江没有被污染者污染，震远认为战芸所言极是，长江是中国第一大河，是中国的母亲河，绝不能让黑暗污染成为传递负能量的工具（此处奏放《长江之歌》开头伴奏）。

另一边，影刃王跟踪两人本想找到地宫，却被迷向的两人带出了树林，无奈他只能另想办法，这时他想起最开始遇到众人前往浴火仪式的那条路，于是回去调查现场寻找线索，发现了残存的脚印并顺着这些脚印找到了兽族地宫的入口，自然族的麻烦要来了。由于污染者被消灭一切行动皆已曝光，魔帝知道震远他们已经获悉真相，有他们在这刚刚挑起的自然战争很快就会被灭火，这一切都使得魔帝十分恼怒，他认为这种时候再走曲线使阴谋已经毫无意义，咆哮着要调集兵力把人类和自然族全部都围剿了。这时影刃王回来报告他找到兽族地宫所在这一消息，得知魔帝要发动总攻于是劝他冷静下来，分析说现在黑暗军团实力大不如前，人类和自然族虽然有矛盾但我们毕竟是他们共同的敌人，如果盲目围剿肯定会让他们团结起来先对付我们，这样一来我们的兵力会大大折损，而我们目前最要紧的是积攒实力将来好防守魔宫。魔帝询问他的建议，影刃王说据他的了解，目前自然界有两拨势力，年轻的首领和他们的小股队伍站在震远他们一边，而老首领们还是坚持以武力教训人类，本来上官总帅一开始已经压住了自然族对人类的怒火，但安理会的攻击又让他的努力付诸东流，虽然天维众人清除了污染者但这第二次自然战争已经开始，这样一来自然族的主力部队全部出击后方必然空虚，不如趁此机会派兵围剿，先拔掉自然势力中最强大的兽族的大本营断了他们的后路，等他们的主力部队和人类打的差不多再去对付他们的残余部队，以最少的消耗换取最大的效益，闹不好此举还能顺带重创人类力量，一箭双雕，既灭了自然族也达到了魔帝减轻将来魔宫防御战压力的目的。魔帝采纳了影刃王的办法，但他看影刃王自此上次流放回来后明显对战争失去热情而且对天维众人总是手下留情，因此不想用他了，遂假意说影刃王监察战情劳苦功高让他留在魔界休息，告诉黑公爵地宫所在让他率部前往执行清剿行动。影刃王也能看明白魔帝这是不再信任自己了，反正自己也已经厌倦了这场战争，于是就遵照魔帝的命令回去休息，也好养精蓄锐将来为魔帝镇守魔宫尽到自己最后的职责。

天维众人在除掉污染者后开始讨论如何结束自然战争，这时夏炎和冰瑶养好伤后告别两位老人回天维跟震远说明情况，当得知他们当时是因为受到允儿和诺尔他们的保护才得以逃脱后，震远结合这几天影刃王在丛林中的活动以及污染者的活跃思索片刻方知大事不妙，随即明白自然族要倒大霉了。众人不解，震远分析说魔帝自法身重现后之所以一直没有对自然族动手，根本原因并不是他想利用自然族和人类两族的矛盾让我们内斗而坐收渔翁之利，而是他根本找不到自然族大本营的所在因而一直没法进行清剿，否则以他在防卫军时期的强大实力完全可以像对付四海龙王那样大张旗鼓地明着围剿自然族。所以我分析这次影刃王之所以被魔帝派来丛林也无非是两个目的，一个是暗中监视污染者保证他的行动不被我们发现，另一个应该就是借我们这次来自然族必然频繁出入地宫和圣域的机会找到它们的所在地。众人问震远为什么这么肯定影刃王就是来找据点的，震远说听夏炎和允儿他们对当时战况的描述，以影刃王的实力上次在浴火仪式的路上对付我们所有人都绰绰有余，而允儿出现并非击败他而是他自行离开的。允儿不解，问震远若真如他所说，那在圣域的路上影刃王又怎么会被自己和诺尔他们打伤逃离呢，震远说影刃王极善谋略，凭自己对影刃王的了解和以往的经验，他肯定是先佯装战败骗你们放松警惕，再暗地跟踪夏炎他们去找到树王圣域，不过我想影刃王一开始一定是想跟着他俩找兽族地宫的，因为他知道我们都在地宫他俩肯定会往地宫方向逃。不过两人把影刃王带错了路来到林子边缘让树王圣域逃过一劫，可如果影刃王真的是来找据点的，在跟踪失败后以他的头脑完全有可能想到重回浴火仪式遇到我们的路上寻找线索，现在很有可能已经找到了地宫所在，而且污染者被我们消灭一切都已经暴露，魔军再使阴谋也就毫无意义，他们一定会趁着自然战争爆发自然族后方力量亏空对地宫下手。众人还有一事不明，既然魔帝可以借我们来自然族的机会找到地宫，完全可以等我们走后直接清剿自然族，为什么还要多此一举引发新的自然战争呢，震远说这无非也是两个原因，首先回到战争的主线路上来看，经过几次事件魔军实力大减，自黄河会战之后魔军再也没有在人间高调活跃过，如此看来魔帝无疑是在积蓄实力部署魔宫防御等待我们的最终冲击，那他现在挑起新的自然战争的目的也就非常明确了，就是给自己将来防守魔宫减少压力，并以此争取时间加固魔宫的防御，一旦一切都失败了也好以魔宫为最后的屏障阻延我们的步伐好让他最后再争取一点时间来完成黑暗计划恢复五千年前的力量解封行动力。而那个污染者我们之前从未接触过，六将军也不知道这号人，应该是在我们发起天网行动后才被创造出来或是被启用的，而魔帝启用他的目的无非就是专门制造负能量并不断给我们找麻烦阻延我们的步伐来给他争取收集负能量的时间，挑起自然战争也是他顺带着做的。而第二个原因就更简单了，但凡侵略战争越是在被侵略方的本土作战越是麻烦，因为每个人对自家附近的环境都是最熟悉的，因此便于以少御多让敌方付出巨大代价，魔军的优势是在开阔地带大兵团作战，在丛林里他们的优势无法发挥，一旦直接围剿必然大有损耗，就像围剿四海一样，剿了几年还是没有剿灭，只是在以大批部队打消耗战，最终只能遭来他们自己的灭亡，况且现在魔军实力大幅削减无力再发起这样的大行动，就算他发起也会像四海之战一样被我们这些法力者插手而最终失败，所以魔帝最好的办法就是再挑起一次自然战争来避开这些麻烦直接获利。

分析完毕后震远开始计划如何做到既支援地宫又不让自然族部队被魔军碰上而被剿灭，此时众人接到二次自然战争的战况报告，虽然中方军队努力避战，但双方的主力部队还是陆续交上火了，看起来狮王是真的想好好教训一下人类。听到战报后的震远倒是心生一计，魔军要想灭自然族势力定会进入森林围剿，为了把自然族的损失减到最小，震远打算派遣联军部队装作人类围剿军正面佯攻吸引自然族的主力部队，目的是把他们尽量引离森林地区以躲避魔帝部队的剿杀，因为他知道自然族是绝对挡不住魔军的，引出自然族之后自己亲自带天兵部队和众人前往地宫救援并保护自然族的居民，不论如何也要在惨剧发生前阻止它。临行前雪月告诉震远自己在安理会的发现，震远就知道这又是外界力量的干预才导致安理会这么不顾一切地剿灭自然，责怪雪月为什么不早告诉自己，雪月说之前大家不都在对付污染者，告诉你你也没时间去查办啊，震远无奈只好现想办法，他知道众人里只有雪月的吊坠有办法对付心灵力量，就让卡尔带着雪月去安理会想办法让委员们恢复正常的心智再劝他们停手，自己再想办法劝自然族退兵，希望能赶在情况进一步恶化之前结束这场刚刚开始的自然战争。联军成功地将狮王的主力部队和森林中的残余兽族部队引到了相对安全的地带，这时黑公爵已经开始行动兵临丛林，有兽族士兵去前线给狮王报信，于是他明白了魔军是想引他们出来和人类打而趁机剿灭地宫，而这些新上来的部队是故意引自己和残余的族人远离丛林是想保护自己，后悔自己没听震远的劝告沉不住气一时激动而酿成大错。这时震远等人及时赶到，允儿诺尔率领自然族部队利用丛林优势协助众人，一举击败黑公爵的主力部队和他本人，而狮王刚要回去保护地宫新的信使又把震远来救援成功解围的消息报来，这让狮王也不再向城市突进，先停下来看看情况。黑公爵回去报告魔帝战败情况，得知中国联军主力和自然族主力都在城市郊外平原，恼羞成怒的魔帝决定点齐兵马以大军团围剿差不多两败俱伤的三族军队主力，这次自己要御驾亲征势必要将其一举歼灭，因为影刃王对众人下不去手决定不带他，遂元神出窍率领他的御林军和黑甲军并带上所有可用的魔将率领大军赶去自然战争的前线战场，却不知联军是以拖延为主尽量不真打因此双方并没有什么损失依旧军容整齐。

前线战场的天空霎时间被黑云笼罩，魔帝亲率众魔将和三十万精锐魔军从天而降将整个战场团团包围，狮王和树王刚刚才以为化解了危机，可没想到真正的危机才刚刚来临，就因为自己对人类的怒火一时压制不住，不想现在却为全族招来灭顶之灾。自然族军队打算和魔军拼了，联军部队随即协助他们抵挡魔军，并且报告给震远。最终法力者们来到前线，在震远的调动下六将军携六大特种兵团也全部赶到了，一场硬碰硬的激战后三族合力击溃魔军和众魔将并且击退魔帝。在众人抗击魔军的同时，雪月也以吊坠解除了安理会众人的心灵催化剂效果，卡尔告诉他们真的应该认真贯彻震远的负防理念，必须要重视起负能量的问题，就是因为他们心中的负能量太多因此每次都会被邪咒女王这样的心灵恶魔有机可乘。委员们清醒过来后立即收回部队终止作战，并纷纷开始深刻反省，随即派战毅等几个代表前往天维向自然族人致歉。最终一切事情都解决了，第二次自然战争也被终结了，自然族两位首领在获知真相后接受了安理会的道歉并且也向人类和震远他们表示歉意。为了修复这场战争和污染者及魔军给森林大地及周边自然环境带来的创伤，允儿公主在天维大楼前的检阅平台上施展法术释放生命之源的强大力量，让被破坏的森林立刻恢复原状，被污染的河水瞬间变得清澈，污浊的蓝天瞬间变得纯净，大自然在允儿公主的法力作用下快速自我愈合恢复生机（此时放歌曲《善待自然》）。最终震远和允儿诺尔三人决定借此机会实现当年防卫军时期自三人第一次见面时起就一直希望的人与自然大团结以及全面合作，在取得三族高层和首脑的完全同意与授权后，上官震远代表人类、诺尔王子代表兽人族、允儿公主代表植物精灵族，三个人在天维众人、六将军、安理会代表和自然族老首领们的见证下，在天维总部前交叉各自的兵器冲天宣誓三族从此正式建立全面战略合作伙伴关系，三族协同作战共同应对魔军威胁，人与自然将团结互助以解决一系列发展难题和局部矛盾，三族一起探索未来和谐发展的新道路，共创美好明天，而三族老一辈人们也因从他们身上看到了这个世界未来的希望而深感欣慰。